Cuenta la historia que el primer europeo que tuvo contacto con el Río Chagres fue el Almirante Cristóbal Colón, en su cuarto y último viaje, en diciembre de 1502, ancló a poca distancia de la boca del río en un lugar que los nativos llamaban “Huiya”, demoró tres días en ese lugar, llamó “Peñón” a una roca grande en la entrada del río, que fue el lugar en donde noventa y tres años después (1595) se construiría el Castillo de San Lorenzo del Real; durante su estadía, el Almirante comerció con los nativos oro, entró por la boca del río, pero notando gran cantidad de caimanes y lagartos, lo llamó El Río de los Lagartos.
Posteriormente en el año 1527, ya identificado que el lugar eran los dominios del cacique Chagré, después del descubrimiento del mar del Sur en 1519, y la fundación de la ciudad de Panamá, Hernando de la Serna, se aventuró entrar por el río determinando que el río era navegable y recomendó construir un camino hacia la ciudad de Panamá, fundándose de esta manera, el “Poblado de Chagres”, en la desembocadura del río, hacia el mar caribe.
El Chagres fue la puerta de entrada de Europa a Panamá por varios siglos, desde la fundación del poblado de Chagres, hasta sus traslado en 1916, hacia lo que hoy se conoce como Nuevo Chagres, pasaron 389 años de historia, tiempo en que es preciso resaltar: la construcción de Fuerte de San Lorenzo del Real en 1595, su toma por el corsario Inglés Francis Drake en 1596, su destrucción en 1671 por el Pirata Inglés Sir Henry Morgan, el cual después de ser reconstruido, cayó nuevamente bajo las fuerzan Inglesas bajo el mando del Almirante Edwar Vernon, en 1761 es reconstruido por tercera y última vez, que son los vestigios que se aprecian hoy día.
El poblado de Chagres era el testigo de las desventuras del Castillo del San Lorenzo del Real, pero en el año 1831, le tocó su parte, cuando era Comandante del Castillo Ruperto Hand, un Irlandes, que se decía que era prócer de la independencia de Colombia, pero sobre quien pesaba la afrenta de asesinar al legendario héroe de Ayacucho, el General José María Córdova, Hand, era
Tan perverso que un mal día por causas que nunca la historia recogió, mandó a prender fuego al poblado de Chagres, llevándose el apodo de los lugareños como el “Extranjero Inclemente”.
El 20 de mayo de 1851, después de 324 años de fundado el poblado de Chagres, el Senado y la Cámara de Representantes de la Nueva Granada, dictaron el Decreto del 20 de mayo de 1851, PERO QUE ENTRÓ A REGIR EL 1 DE OCTUBRE DE ESE AÑO, crearon en la provincia de Panamá, el Cantón de Chagres, compuesto por el Distrito Parroquial de Chagres y el caserío del Gatún; según las leyes de la Gran Colombia, denominada en ese entonces como Nueva Granada, esa nación se dividía en provincias, estas en Cantones y a su vez en Distrito Parroquial, el cual estaba bajo la administración de un párroco y con un corporación denominada Cabildo Parroquial.
Ya en la era Republicana y después de la construcción e inauguración del Canal, la provincia de Colón, y en especial los moradores de Chagres, fueron víctimas del célebre y tristemente recordado: “La traición del banquete de la Iguana”, en la que un adobo o guiso de iguana, plato que apasionaba al Ministro Plenipotenciario de Relaciones Exteriores de los Estados Unidos, Williams Jenning Price, ofrecido por el Ministro de Relaciones Exteriores de Panamá, Ernesto Tisdel Lefevre, se firmó el Convenio Lefevre-Price del 2 de septiembre de 1914, que reemplazó la delimitación provisional de la Zonal del Canal de 1904, y los Estados Unidos devolvió en la capital los terrenos de Las Sabanas, Punta Paitilla, Coco del Mar etc, a cambio de terrenos en la provincia de Colón; como consecuencia de ese “banquete de iguana” que fue aderezado con sacrificio de los Colonenses, el 8 de diciembre de 1915, los Estados Unidos, decide tomar, entre otros, los terrenos ubicado en la boca del Río Chagres, el Fuerte de San Lorenzo del Real, y el pueblo de Chagres, que para ese entonces tenía unas 96 casas y unos 400 a 500 habitantes tuvo que emigrar en 1916, hacia lo que hoy se conoce como Nuevo Chagres.
El 1 de octubre de 1979, cuando entró en vigencia los Tratados Torrijos-Carter, las tierras donde quedaba el poblado de Chagres, fue devuelto al Estado Panameño, pero irónicamente parece que 65 años después del banquete de iguana, el mismo siguió surtiendo efectos, porque esas tierras, no fueron devueltas al Distrito de Chagres, sino que fueron entregadas al Distrito de Colón, pero en esa fecha nos cuentan que se hizo una excursión desde Nuevo Chagres, de algunos moradores que siendo niños salieron del “Chagres Viejo” y aún lograron recordar la ubicación de sus viviendas, sus árboles frutales, los patios donde jugaban y los senderos que los conducían al Fuerte San Lorenzo del Real.